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La collégiale fut supprimée en 1681 : elle comptait 259 ans d’existence. Louis XIV lui substitua un séminaire destiné à la formation d’aumôniers de marine.

Ce séminaire fut d’abord confié à des membres du clergé diocésain. Nous lisons, en effet, dans une pièce de l’époque (Archives nationales, série K. 1152) que, par lettres patentes de l’année 1681, le Roi établit une communauté et un séminaire de prêtres séculiers pour y élever de jeunes ecclésiastiques et les rendre capables de servir d’aumôniers sur les vaisseaux armés en Bretagne. Pour leur donner les moyens de subsister, Sa Majesté fit bâtir, à ses frais, une maison à leur usage [Note : La maison qui sert plus tard d’école] et leur accorda l’église collégiale du Folgoët avec les revenus qui en dépendaient, mais à la charge que ces prêtres acquitteraient les fondations. Alain Madec, recteur de Lannilis, fut leur premier supérieur.

Cette situation dura jusqu’en 1686. Les Pères Jésuites venaient de s’installer à Brest. Ils étaient à Quimper depuis 1619, et les annales du Folgoët nous apprennent qu’un de leurs premiers gestes avait été de se rendre à la sainte chapelle pour s’y recommander à la Vierge. En 1686, la Compagnie obtint du Roi la direction du séminaire de la marine transféré à Brest et se chargea d’entretenir, en cette ville, 12 Pères et 20 aspirants aumôniers. Pour subvenir aux frais d’entretien, les Jésuites eurent la jouissance des revenus du Folgoët, et comme ces revenus étaient insuffisants, on leur adjoignit ceux de l’abbaye de Daoulas : « On leur bâtit à Brest une magnifique maison, qui sert aujourd’hui d’école aux élèves mécaniciens de la Marine, en même temps que la chapelle de la Marine, aujourd’hui détruite, et l’église Saint-Louis » (M. le chanoine Guillermit).

Brest était la ville tout indiquée pour l’établissement d’un séminaire de ce genre. A cette occasion, on frappa une médaille présentant d’un côté l’effigie du Roi et, de l’autre, une inscription, dont voici la traduction : — Louis Le Grand, pour qu’il protège l’empire des mers par la vertu que la religion engendre, construisit le séminaire de Brest et en confia l’administration aux Pères de la Société de Jésus. Armée 1685. — Légende : — Tu commandes au pouvoir de la mer. — L’aumônerie prit le nom de Séminaire royal de la Marine établi à Brest, auquel a été unie à perpétuité la sainte chapelle de Notre-Dame du Folgoët.

Les Pères, bien que ne résidant pas au Folgoët, gardaient évidemment à leur compte l’acquit des fondations.

Quelles étaient, à l’époque, les ressources et les charges du Folgoët ? Nous n’avons pas vu de tableau pour les débuts de l’administration des Jésuites, mais nous savons qu’en 1750, d’après un état portant cette date, le rentier se composait alors de fermages, de rentes en grains ou en argent, du produit des quêtes, aumônes et oblations, le tout formant un revenu de 7.650 livres. Les charges consistaient dans les réparations ordinaires et la desserte de 1.400 messes basses et 50 messes à chant. Les Pères, qui ne pouvaient ordinairement s’acquitter par eux-mêmes de ces charges, les confièrent successivement à des Récollets de Lesneven et à des Carmes de Brest.

Il est fait mention de quelques donations de champs et d’objets pour le culte sous leur gestion.

Comme fait marquant de la période de leur admi­nistration, nous devons signaler le grand incendie de 1708 :

« Le feu fut mis à la basilique par l’imprudence d’un armurier qui, voulant préparer les orgues, pour les fêtes de l'Annonciation, avait collé, la veille, quelques parties des soufflets, et placé un vase de braise, au-dessous, pour les sécher pendant la nuit ; mais il arriva que la braise se changea, tout à coup, en un feu dévorant, et puis, s’insinuant entre les voûtes et les charpentes de la nef et des bas-côtés, brûla ces magnifiques charpentes, qui auraient pu durer encore mille ans, et dont les pièces disjointes et enflammées, croulant de tout leur poids sur les voûtes, les brisèrent en entier ; et voûtes et charpentes mêlées ensemble tombèrent sur le sol de l’église avec un tel fracas, au milieu d’une nuit sombre et silencieuse, que tout le Folgoët, réveillé en sursaut, se crut à la fin des temps » (Kerdanet).

En 1716, les habitants de Lesneven sollicitent de « Sa Majesté et Altesse Royale, le Régent du Royaume », la réparation du monument et le rétablissement de l’ancienne collégiale. Dans leur requête, ils déclarent se solidariser, en ce qui concerne cette affaire, avec « les peuples de l’évêché de Léon et des autres de la Basse-Bretagne », en demandant qu’un doyen et des chanoines soient nommés « comme de précédent pour remplir les fondations suivant les intentions qu’elles avaient été faites » et que les deux tiers des revenus de la chapelle soient affectés à rétablir l’église incendiée. Cette requête eut pour résultat la reconstruction de la toiture de l’église par Guillaume Le Minteur, qui remplaça les couvertures anciennes par un seul et même toit : ainsi disparaissait le magnifique cordon de galeries extérieures que le feu avait épargné [Note : L'administration des Beaux-Arts a fait disparaître cette toiture].

Les signataires de cette requête tendant au rétablissement du doyen et des chanoines reprochaient aux Jésuites leur incurie pour avoir laissé l’église en ce triste état. Nous retrouvons les mêmes griefs, exposés avec quelque vivacité, sous la plume de Goulven Le Melloc, recteur de Guiquelleau. Il faut dire, en effet, qu’à l’époque où nous sommes arrivés, la paroisse n’était plus à Elestrec, dont l’église était tombée en ruines, mais à Guiquelleau, où le seigneur de ce nom avait donné sa chapelle domestique pour servir d’église paroissiale. Guiquelleau se trouvait presque sur le bord de l’étang de Penmarch, non loin de Kernouès, et le bouillant recteur avait formé le projet d’obtenir le transfert définitif de la paroisse à l’endroit où se trouvait le fameux sanctuaire. Ecrivant donc à son évêque, Mgr. de la Marche, en réponse à l’enquête que celui-ci avait prescrite, en 1774, à tous ses recteurs sur le paupérisme et les moyens d’y remédier, il lui arrive de s’indigner contre les bons Pères, comme d’ailleurs contre les desservants des fondations : « Un des traits de Louis XIV, exposait-il, est d’avoir livré cette chapelle avec tout son revenu aux Pères Jésuites qui contre les intentions du Roi, ont emporté la plus grande partie de son argenterie et de ses vases sacrés ».

L’accusation est précise. Dans cette affaire, je m’efforcerai d’être impartial ; et comme l’impartialité consiste à donner aux partisans de toutes opinions les éléments d’un contrôle, versons toutes les pièces au débat. Aussi nous allons écouter maintenant alteram partem, les tenants d’une opinion différente.

Disons tout de suite que les Jésuites ne jouissaient pas de tous les revenus, puisque plusieurs fondateurs avaient transféré à leurs paroisses les revenus de leurs fondations du Folgoët. Ceci est reconnu d’ailleurs dans la requête précitée des habitants de Lesneven, puisqu’ils demandent que « incontinent les seigneurs et particuliers qui avaient des fondations aient à les rétablir à la grande dévotion des peuples, qui sera par là renouvelée ».

Mais voici un véritable plaidoyer en faveur des Jésuites, et rédigé par des contemporains mêmes de Goulven Le Melloc. C’est un mémoire qui se trouve aux archives de l’évêché de Quimper (liasse " Collégiale du Folgoët ") et qui porte les signatures de G. Calvez et Paul Gabriel Mesguen, prêtres. Il fut adressé au Directeur général du Bureau des Economats, le 24 août 1780. Au préalable, les soussignants avaient exposé la situation à Mgr. de la Marche. Ils se dénomment, avec leurs deux autres confrères, « prêtres desservant l’église de l’ancienne collégiale du Folgoët ». Ils nous semblent, par conséquent, bien qualifiés pour apprécier l’administration incriminée. Comparant la situation actuelle au triple point de vue du logement, qui laisse beaucoup à désirer, des émoluments jugés insuffisants et de l’état de délabrement, de l’église avec la situation d’avant 1765, ils font ressortir qu’au temps des Révérends Pères « ils étaient bien logés, ayant l’entière disposition de la maison nommée la Communauté, fournie de batterie de cuisine, de vaisselle, de linge, tant pour la table que pour les lits, qu’ils avaient une mesure de gruau tous les ans du Moulin du Folgoët, un pot de vin de chaque auberge pendant la foire et le pardon du Folgoët pour les choristes... ». Les Pères « laissaient aux desservants la disposition de tout ce que les fidèles auraient pu donner en offrandes à cette église pour fournir les luminaires, huile à lampe, encens et blanchissage des linges ; ils payaient aux Messieurs desservants 1.400 livres par an d’honoraires et faisaient toutes les réparations tant dans l’église que dans la maison. Cet arrangement a toujours subsisté, sans la moindre variation, jusqu’au moment que Sa Majesté a jugé à propos d’ôter l’administration du Séminaire royal de Brest aux Révérends Pères Jésuites » (L. Kerbiriou).